PRACA ORYGINALNA
Zastosowanie sekwencjonowania pełnogenomowego do oceny pokrewieństwa szczepów Salmonella Enteritidis wyizolowanych na terenie województwa śląskiego
Więcej
Ukryj
1
Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Katowicach
Data nadesłania: 17-05-2024
Data ostatniej rewizji: 12-08-2024
Data akceptacji: 30-08-2024
Data publikacji online: 20-09-2024
Autor do korespondencji
Beata Irena Rozwadowska
Interdyscyplinarna Pracownia Diagnostyki Molekularnej, Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Katowicach, Raciborska 39, 40-074, Katowice, Polska
SŁOWA KLUCZOWE
DZIEDZINY
STRESZCZENIE
Wprowadzenie: Gram-ujemne pałeczki Salmonella są jedną z najczęstszych bakteryjnych przyczyn zakażeń jelitowo-żołądkowych. Dobrze dobrana i celowana diagnostyka mikrobiologiczna umożliwia wykrycie i identyfikację czynnika etiologicznego zakażenia, jednakże nie zawsze metody wystandaryzowane, rutynowe i rekomendowane pozwalają na identyfikację czynnika biologicznego w sposób jednoznaczny. Sekwencjonowanie nowej generacji stało się idealnym narzędziem do identyfikacji mikroorganizmów oraz śledzenia transmisji zakażeń w ogniskach do celów epidemiologicznych. Cel: Celem badania była ocena pokrewieństwa genomowego szczepów Salmonella Enteritidis z wykorzystaniem sekwencjonowania pełnogenomowego w ognisku zatrucia zbiorowego w okresie sierpień-wrzesień 2023 r. na terenie województwa śląskiego. Materiał i metody: Materiał do badań stanowiło 11 szczepów S. Enteritidis, dla których przeprowadzono sekwencjonowanie pełnogenomowe w technologii Illumina oraz dokonano oceny pokrewieństwa pomiędzy serotypami z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych. Wyniki: Genomy wszystkich izolatów S. Enteritidis zostały przypisane do HC2_53128, co może wskazywać na bardzo bliskie pokrewieństwo pomiędzy szczepami. Wnioski: Sekwencjonowanie pełnogenomowe umożliwiło ocenę pokrewieństwa genomowego szczepów S. Enteritidis w ognisku zatrucia zbiorowego w okresie sierpień-wrzesień 2023 r. na terenie województwa śląskiego.